Administration de mission, le secrétariat général pour les affaires régionales est une structure interministérielle qui constitue, auprès du préfet de région, un "état-major" organisé autour de 2 grandes fonctions : • une fonction transversale d'animation et de coordination interministérielle 1. des grands programmes tels que le contrat de plan État-Région ou les actions de lutte contre les algues vertes 2. de la stratégie régionale de l'État 3. des études et évaluation • une fonction d'impulsion des actions de modernisation Le SGAR coordonne également les actions de toute nature qui intéressent les quatre départements de la région, hormis dans les domaines de la sécurité, de l'ordre public et de la politique d'immigration, qui relèvent des échelons départemental et zonal de l'État. Avec les collectivités et les responsables socio-économiques, le SGAR négocie et met en oeuvre de nombreux dispositifs partenariaux. Le SGAR est composé de chargés de missions et de services placés sous l’autorité du secrétaire général pour les affaires régionales. Il est structuré en deux pôles animés par deux adjoints.
